亚健康的原因是多方面的，但归纳起来有如下常见原因：
一是生理方面的因素。如长期高强度和无休止地工作，使机体各脏器处于长期超负荷状态；先天不足；更年期以及老年期出现的衰老、虚弱等。
二是心理、社会因素。机体长期处于高压力（含各种重大生活事件）。人的一生中各年龄段都面临着不同的压力，由于压力的大小、性质不同，加之每个人对压力的耐受性不一样，所以久而久之，这些心理的压力就会对机体有关脏器产生不同影响。其中对神经、免疫、胃肠、心血管及内分泌等系统影响较大，因而亚健康表现出上述相应系统的症状也比较多见。
三是一些不良生活习惯和行为造成的。多系吸烟、酗酒、频繁过度交际、晚上不睡、早上不起及长期生活无规律、大量饮用兴奋性饮料等原因引起。
